一、初次運轉的準備
1．檢查粉碎泵，氣泵（風機）軸承、填料函內是否有油，但氣泵進出口內不要加油，因為氣泵葉片是油潤滑的。
2．檢查水泵轉向是否正確。
3．打開閥V4，關閉閥V1、V2和V3。
4．打開消防水入口閥，向柜內加水，待消毒室內液位到達中位時粉碎泵將自動起動，此時應保持閥V4常開，并停止消防水進入，待消毒室內液位達到低位時，粉碎泵自動停止。
二．培養菌種
1．打開污水入口閥，讓廁所來的污水進入裝置。
2．將氣泵（風機）轉換開關轉向“連續”位置，氣泵（風機）連續運轉。
3．打開V3、V6。
4．待消毒室液位到達中位時，排放泵自動起動，待液位到達低位時，排放泵自動停止。
5．排放泵如前起停三次后，關閉污水入口閥，進行“悶曝”過程。
6．每隔一天停歇氣泵半個小時，然后打開污水入口閥，待排放泵起停一次后，關閉污水入口閥。
7．視環境溫度和污水質量而定，培養時間約在5-7天左右，如果預先從陸地上污水處理廠假如5升活性污泥菌種的話，可縮短時間，一般僅需兩天。
三．正常運行
1．將排放泵轉換開關轉在“自動”。
2．將氣泵（風機）轉換開關轉向“連續”。
3．打開污水入口閥。
4．每天打開V6、V5二次，在半透明塑料管中能看到污泥返送，每次約二分鐘。視沉淀區上觀察玻璃上泥多少定。
5．《白天-黑夜》即《連續-斷續》開關的使用。
四．污泥排放
1 ．從取樣口用100ml量筒在正常狀態下取出含有懸浮物的固體，靜止半小時后，如沉淀物界面超過40%時，此時應排放污泥。
2．從沉淀區觀察窗中看到的沉淀物超過觀察玻璃2/3時，此時先加大閥V5開度，以增加污泥回流量，如無效，則也應排放污泥。
3．排放污泥時，關閉V4，打開閥V3，手動啟動排放泵，將沉淀柜內污泥排出，待液位降至觀察玻璃1/2時，手動停止排放泵。
4．污泥排放周期一般為三個月，且一定要在公海內排放。所以當船舶航行于公海時，不管是否到了三個月，可以將沉淀區內污泥排去一些， 不要全部排空，以保留一定菌種。
5．公約允許在離陸地4海里外排放經粉碎消毒的污泥，在12海里外可排放未經處理的污水。
五．長期停止不用（指超過三個月不用的工況）
1．關閉污水進口閥。
2．打開V1、V2、V3閥，將全部污水排至舷外。
3．用沖洗水沖洗柜子，反復三次，排空。
4．切斷電源。
